Cuando se trabaja en musicoterapia, básicamente los objetivos principales de la aplicación terapéutica de la musicoterapia para su aplicación en las personas con discapacidad:son las siguientes: Mejorar la afectividad y la conducta, la perceptivo-motricidad, la personalidad y la comunicación y mejorar las funciones psicofisiológicas tales como el ritmo respiratorio y cardíaco, así como el restablecimiento de los ritmos biológicos..
A nivel de las mejoras psico- fisiológicas: se ha observado un desarrollo de las facultades perceptivo-motrices que permitan un conocimiento de las organizaciones espaciales, temporales y corporales. A su vez se ha observado un favorecimiento del desarrollo psicomotor: coordinación motriz y óculo motriz, junto con una mejora en la regulación motora, el equilibrio y la marcha, así como una mejora en la lateralidad, y tonicidad muscular. Una notoria mejora a nivel de la integración y desarrollo del esquema corporal, así como desarrollo sensorial y perceptivo, junto con una mejora en la discriminación auditiva.
También se ha reportado adquisición de destrezas y medios de expresión usando el cuerpo, instrumentos, gráficos, espaciales, melódicos y de expresión usando el color.
Pacientes tratados con musicoterapia han podido desarrollar la locución y de la expresión oral mediante la articulación, vocalización, acentuación, control de la voz y expresión.
En el caso particular de los niños se ha observado que al dotar al niño de vivencias musicales enriquecedoras se estimula su actividad psíquica, física y emocional.
El efecto de la musicoterapia también se siente desde un aspecto afectivo, emocional y de personalidad. En tal sentido, se ha observado una sensibilización de valores estéticos de la música, así como una sensibilización afectiva y emocional. Al producirse un acercamiento al mundo sonoro se ha observado un incremento de la autoestima y personalidad mediante la autorrealización. Es notoria la aplicación de pautas de conducta correctas, desarrollo de la atención y observación de la realidad. Al aumentar la confianza en sí mismo, se refuerza la autoestima. A su vez, se establece o restablecen relaciones interpersonales., permitiendo por medio de la musicoterapia, integrar socialmente a la persona.